1635年，皇太极废除旧有族名“诸申”（女真），定族名为“满洲”。1636年，降服漠南蒙古。同年皇太极称帝且改国号“金”为“大清”，正式建立清朝，改年号为崇德。1637年，降服李氏朝鲜。

1640年，明清松锦之战爆发，1642年洪承畴在松山被俘，祖大寿在锦州投降。松锦之战标志着明朝在辽东防御体系的完全崩溃，在关外只剩下宁远一座孤城。1643年皇太极病死，第九子福临继位，是为顺治帝，由其叔多尔衮摄政。

1644年，李自成率领的大顺军攻陷北京，崇祯帝在景山自杀殉国。驻守山海关的明将吴三桂降清。多尔衮指挥八旗兵，兼程入关，以吴三桂为前导，击败大顺军，进占北京。同年顺治帝迁都北京，祭告天地祖宗，表示是全中国的君主。

接着，清军南下剿灭农民军，北方的地主、官僚纷纷勾结清军，镇压农民军。与此同时，在南方的一些明朝遗臣相继拥立皇族建立政权，史称南明。此外还有李自成的大顺政权、张献忠的大西政权。

李自成死后，大顺军余部与南明湖广总督何腾蛟、湖北巡抚堵胤锡联明抗清。1647年大败清军于全州，次年几乎收复湖南全境。江西金声桓和在广州李成栋先后反正，出现了第一次抗清斗争的高潮。但永历政权不能团结对敌，给了清军以喘息之机。1649—1650年，何腾蛟、瞿式耜先后牺牲。

1652年，李定国率军8万东出广西，下桂林。又攻入湖南、广东，“两蹶名王，天下震动”。刘文秀亦出击四川，克复川南。东南沿海的张煌言等的抗清军队也发动攻势，抗清斗争再次出现高潮。这时孙可望同李定国之间矛盾爆发，破坏了大好形势。孙可望投清后，云贵虚实尽为清军所知。由于华南反清势力较大，清帝册封吴三桂、耿仲明与尚可喜为王以镇守云南、贵州、广东与福建等地，史称三藩。1658年，吴三桂率清军攻入云南，1662年永历帝被杀，南明灭亡。

清军进军江南的过程中，烧杀抢掠，激起江南人民的强烈反抗，特别是剃发令强制执行，各地燃起抗清的熊熊烈火。清廷残酷镇压，在扬州、嘉定、江阴等地进行了大肆屠城，史称“扬州十日，嘉定三屠”。此后清军各地“剃发易服”，清军采取多次屠杀以镇压之，造成人口骤减，发生西南地区民生萧条、万里无人的景象，史称甲申国难。

1659年，清军占领西南地区。并迁移湖广人口填川，以补充劳动力的不足，视为历史上的第二次“湖广填四川”。清廷制定的圈地和投充政策使人民放弃土地，增加更多流民。为此又制定严禁奴仆逃亡的逃人法，激化京畿地区的民族矛盾。后来清廷下令停止这些政策，并实行奖励垦荒、减免捐税的政策。并且正式开科取士，追尊崇祯帝与明朝忠臣。

延平王郑成功在1661年收复了当时为荷兰殖民地的台湾。永历帝被害后，郑成功之子郑经继续使用南明永历年号，礼待南明宁靖王朱术桂，但未再拥立明朝宗室称帝和监国。1683年，清朝攻克台湾，明郑结束，1684年设立台湾府。清军入关后历经20多年的战争，基本占领中国大陆。